cloud9でプログラムを長時間動かすには、有料版かレンタルサーバーでCIする方 法も御座います。

無料ユーザーは、2 時間、有料ユーザーは7日間、サーバーに何もアクセスされないと Apache が止まるようになっています。

ネットからの引用だと、だそうです。